慢性咳嗽（長く続く咳）の原因としては、咳喘息が最も多く次いでアトピー咳嗽、副鼻腔気管支症候群といわれています。
咳ぜんそく
咳ぜんそくは、ぜんそくにとても近い病気ですが呼吸困難を起こすことがなく、就寝時、深夜から早朝にかけえての咳、かぜをひいた時、冷気、運動、受動喫煙への暴露などで咳が起こりやすく一定の季節に悪化します。成人女性に多い傾向があり、気管支拡張薬の有効性を確認することで診断しますが、当院では呼気の一酸化窒素を測定し診断を補助しています。診断確定後はぜんそくと同様に吸入ステロイドの長期療法を行います。成人咳喘息の３０％で経過中に喘鳴（ヒューヒュー音）が出現し、ぜんそくに移行しますが、吸入ステロイド治療によりその頻度は低下します。
アトピー咳嗽
アトピー咳嗽とは、のどにかゆみ、いがいが感を伴い持続性の痰を伴わない咳が続き、喘鳴、呼吸困難発作がなく、エアコン、たばこの煙、会話、運動、緊張などにより咳が誘発されやすいなどが特徴で、咳ぜんそくとは違い咳ぜんそくに有効な気管支拡張薬がアトピー咳嗽には効かないしぜんそくに移行しません。診断は咳ぜんそくを否定しヒスタミンH１受容体拮抗薬が有効であった場合に、治療的に診断していきます。ヒスタミンH１受容体拮抗薬が第１選択となり、その有効率は約６０％といわれています。効果不良の場合には吸入ステロイド薬の追加を行います。将来的なぜんそくの発症や、呼吸機能障害の進行はほとんどないと考えられているので、咳がよくなれば治療の中止は可能です。ただ、治療終了後、約半数の患者さんで再燃するといわれており、その都度治療が必要になる場合があります。
副鼻腔気管支症候群
慢性的に繰り返し上気道と下気道に炎症を起こす病気です。慢性気管支炎、気管支拡張症、びまん性汎細気管支炎といった、気管支に慢性の炎症が続く病気は、慢性副鼻腔炎といった上気道の炎症を合併しやすく、その合併した状態を副鼻腔気管支症候群と呼びます。湿性咳嗽（たんのからんんだ咳）が出ます。症状は黄色から緑色の粘り気のある鼻汁、鼻づまり、頭重感、のどの違和感、嗅覚障害といった副鼻腔炎の症状に、咳、たん、微熱などの呼吸器症状がでます。血液検査やたんの検査、レントゲンたCTなどの画像検査、呼吸機能検査などの検査を行い診断します。治療はたんきりの薬やマクロライド系と呼ばれる抗生剤を１から２か月投与します。
マイコプラズマ感染症
潜伏期は２～３週間で、発熱や全身倦怠感、のどの痛みが先行し、から咳が出現する。レントゲン、採血、痰や咽頭ぬぐい液を使った抗原検査で診断します。治療はマクロライド系と呼ばれる抗生剤を主に使って治療し咳が残る場合に咳止めを使います。